Орган, установленный напротив алтарной части собора, построен в 1898 г. предприятием Вильгельма Зауэра - одной из крупнейших органостроительных фирм Германии. Изначально инструмент был установлен в московской лютеранской церкви святого Михаила. После её закрытия в 1928 году перенесен в Донской монастырь, где нес на себе печальную миссию в зале крематория до 1972 года.

В конце 2005 – начале 2006 г. капитальный ремонт органа осуществил мастер Райнхардт Хюфкен из Хальберштадта (Германия), имеющий большой опыт в восстановлении романтических инструментов. Были обновлены все кожаные детали, реставрированы кафедра, поломанные трубы. Кроме того, орган получил новый вентилятор. При этом была сохранена и отреставрирована историческая воздухонагнетательная система, позволяющая пользоваться органом без электричества.

В настоящее время орган звучит как во время богослужений, так и наконцертах. Уникальная акустика собора позволяет в полной мере насладиться звучанием одного из немногих сохранившихся в России органов девятнадцатого столетия.

Диспозиция органа W.Sauer, op.755, 1898

III Manual

Quintatoen 16’
Spitzfloete 8’
L.Gedackt 8’
Salizional 8’  
Aeoline         8’  
Voix-céleste 8’
Flauto dolce 4’

Pedal
Violon 16’
Subbass 16’
Gedacktbass 16’
Octave 8’
Violoncelle 8’
Floete 4’
Posaune 16’

Coppeln: III/P, II/P, I/P, III/II, III/I, II/I

Collectivzugen: p, mf, f, Tutti

Spielhilfen: Rohrwerk ab., HR ab., Walze ab., 2 FK

Schweller III, Walze

Орган имеет 3 мануала, педаль, пневматическую игровую и регистровую трактуры, виндлады системы кегельладе.